매입자발행 세금계산서에 따른 매입세액 공제 특례 및 특수한 경우의 세금계산서 발급

세금계산서 발급의무가 있는 사업자가 재화·용역을 공급하고 세금계산서 발급시기에 세금계산서를 발급하지 아니한 경우는 그 재화·용역을 공급받은 자는 관할 세무서장의 확인을 받아 매입자 발행 세금계산서를 발행할 수 있다.

 

매입자 발행 세금계산서에 따른 매입세액 공제 특례

1. 매입세액공제

매입자 발행 세금계산서에 기재된 부가가치 세액은 공제할 수 있는 매입세액으로 본다. 따라서 예정신고 및 확정신고 또는 경정청구를 할 때 매입자 발행 세금계산서 합계표를 제출한 경우 매입자 발행 세금계산서에 기재된 매입세액을 해당 재화·용역의 공급시기에 해당하는 과세기간의 매출세액 또는 납부세액에서 매입세액으로 공제받을 수 있다.

2. 발행 가능금액

거래 건당 공급대가가 10만 원 이상인 경우로 한다.

3. [세부사항] 절차 규정

(1) 신청

매입자 발행 세금계산서를 발행하려는 자(이하 '신청인'이라 함)는 재화·용역의 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일부터 6개월 이내에 거래사실 확인신청서에 거래사실을 객관적으로 입증할 수 있는 서류를 첨부하여 신청인의 관할 세무서장에게 거래사실의 확인을 신청하여야 한다.

(2) 보정 요구

신청을 받은 관할 세무서장은 신청서에 재화·용역의 공급자의 인적사항이 부정확하거나 신청서 기재방식에 흠이 있는 경우에는 신청일로부터 7일 이내에 일정한 기간을 정하여 보정 요구를 할 수 있다.

(3) 확인 거부

신청인이 보정기간 이내에 보정 요구에 응하지 아니하거나 다음에 해당하는 경우에는 신청인의 관할 세무서장은 거래사실의 확인을 거부하는 결정을 하여야 한다.

1. 신청기간을 넘긴 것이 명백한 경우
2. 신청서의 내용으로 보아 거래 당시 미등록사업자 및 휴·폐업자와의 거래한 것이 명백한 경우

(4) 송부 및 확인

1. 신청인 관할 세무서장은 확인을 거부하는 결정을 하지 아니한 신청에 대해서는 거래사실 확인신청서가 제출된 날(보정을 요구한 때에는 보정이 된 날)부터 7일 이내에 신청서와 제출된 증빙서류를 공급자의 관할 세무서장에게 송부하여야 한다.
2. 신청서를 송부받은 공급자 관할 세무서장은 신청인의 신청내용, 제출된 증빙자료를 검토하여 거래 사실여부를 확인하여야 한다. 이 경우 거래사실의 존재 및 그 내용에 대한 입증책임은 신청인에게 있다.

(5) 통지

1. 공급자 관할 세무서장은 신청일의 다음 달 말일까지 거래사실 여부를 확인하여 다음의 구분에 따른 통지를 공급자와 신청인 관할 세무서장에게 하여야 한다. 다만, 공급자의 부도, 일시 부재 등 기획재정 부령이 정하는 불가피한 사유가 있는 경우에는 거래사실 확인기간을 20일 이내의 범위에서 연장할 수 있다.
2. 신청인 관할 세무서장은 공급자 관할 세무서장으로부터 통지를 받은 후 즉시 신청인에게 그 확인 결과를 통지하여야 한다.

(6) 세금계산서 발급

신청인 관할 세무서장으로부터 거래사실 확인 통지를 받은 신청인은 공급자 관할 세무서장이 확인한 거래일자를 작성일자로 하여 매입자 발행 세금계산서를 발행하여 공급자에게 교부하여야 한다. 다만, 신청인 및 공급자가 관할 세무서장으로부터 거래사실 확인 통지를 받은 경우에는 매입자 발행 세금계산서를 교부한 것으로 본다.

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특수한 경우의 세금계산서 발급

1. 위탁매매의 경우

(1) 재화 공급의 특례

위탁매매(또는 대리인)에 의한 매매를 할 때에는 위탁자(또는 본인)가 직접 재화를 공급하거나 공급받은 것으로 본다. 다만, 위탁자(또는 본인)를 알 수 없는 경우에는 수탁자(또는 대리인)에게 재화를 공급하거나 수탁자(또는 대리인)로부터 재화를 공급받은 것으로 본다.

 

(2) 세금계산서 발급

위탁판매 등	① 수탁자(또는 대리인)가 재화를 인도할 때에는 수탁자(또는 대리인)가 위탁자(또는 본인)의 명의로 세금계산서를 발급한다. 이 경우 수탁자(또는 대리인)의 등록번호를 덧붙여 적어야 한다. ② 위탁자(또는 본인)가 직접 재화를 인도하는 때에는 위탁자(또는 본인)가 세금계산서를 발급할 수 있다. 이 경우 수탁자(또는 대리인)의 등록번호를 덧붙여 적어야 한다.
위탁매입 등	공급자가 위탁자(또는 본인)를 공급받는 자로 하여 세금계산서를 발급한다. 이 경우 수탁자(또는 대리인)의 등록번호를 덧붙여 적어야 한다.

 

2. 「조달기금법」에 의하여 물자가 공급되는 경우

「조달사업에 관한 법률」에 따라 물자가 공급되는 경우에는 공급자 또는 세관장이 해당 실수요자에게 직접 세금계산서를 발급하여야 한다. 다만, 물자를 조달할 때에 그 물자의 실수요자를 알 수 없는 경우에는 조달청장에게 세금계산서를 발급하고, 조달청장이 실제로 실수요자에게 그 물자를 인도할 때에는 그 실수요자에게 세금계산서를 발급할 수 있다.

 

3. 그 밖의 경우

1. 수용으로 인하여 재화가 공급되는 경우 : 위의 '위탁매매의 경우'를 준용하여 해당 사업 시행자가 세금계산서를 발급할 수 있다.
2. 용역의 공급에 대한 주선·중개의 경우 : 위탁매매의 경우를 준용한다.
3. 리스거래의 경우 : 납세의무가 있는 사업자가 「여신전문 금융업 법」 제3조에 따라 등록한 시설대여업자로부터 시설 등을 임차하고, 그 시설 등을 공급자 또는 세관장으로부터 직접 인도받는 경우에는 공급자 또는 세관장이 그 사업자에게 직접 세금계산서를 발급할 수 있다.
4. 조달청장이 발행한 창고증권의 양도로서 임치물의 반환이 수반되는 경우 : 위 '2'의 단서의 규정을 준용한다. 즉, 창고증권과의 교환으로 임치물을 반환받는 자를 알 수 없는 경우에는 임치인이 창고업자에게 세금계산서를 발급하고, 창고업자가 실지로 창고증권과의 교환으로 임치물을 반환받는 자에게 임치물을 인도할 때에는 그 반환받는 자에게 세금계산서를 발급할 수 있다.
5. 합병에 따라 소멸하는 법인이 합병계약서에 기재된 합병을 한 날부터 합병등기일까지의 기간에 재화·용역을 공급하거나 공급받은 경우 합병 이후 존속하는 법인 또는 합병으로 신설되는 법인이 세금계산서를 발급하거나 발급받을 수 있다.